Såg just på nyheterna att man nu kan artbestämma genom att ta en bit och stoppa in i en apparat. Detta är alltså vad vi artnördar väntat på! Vi kan slänga mikroskop och litteratur.
Men inte ett ord om svampar, bara växter, djur, insekter. Tänk att svampar är så ointressanta annat än som mat eller gift.
Att inte svamparna nämndes kanske också har att göra med att det fortfarande är så få svampar som har DNA-sekvenserats.
Varför det är så, kan man fråga sig. Dom kanske väntar på den där apparaten i fickformat för att kunna göra det snabbare och billigare än idag - för den finns ju inte än.
Hej Frida
Säkert många nya kommer att beskrivas i framtiden. Till Exempel är röd flugsvamp (i alla fall i alaska) och fläcksopp kryptiska arter, som inte går att skjlia morfologiskt. Och Amanita muscaria var. regalis är utan taxonomisk betydelse (polymorphism, eller hur det heter på svenska?).
Jonas, jag har inte läst Geml 2006, däremot “Evidence for strong inter- and intracontinental phylogeographic structure in Amanita muscaria, a wind-dispersed ectomycorrhizal basidiomycete.. J. Geml et al. 2008”.
Där har man funnit 8 distinkta linjer och anser det troligt att de representerar olika arter. Tyvärr hanterar man alla kollekter utan varietetsnamn, så i artikeln går det inte att hitta regalis, men går man till Genbank så hittar man de kollekter som identifierats som regalis (några från Norge och ett par från Japan), och samtliga återfinns i en av dessa distinkta linjer.
När jag har jämfört DNA-sekvenserna mellan de skandinaviska kollekterna av muscaria resp. regalis, har jag också sett genomgående skillnader i basparen.
Dessutom har muscaria och regalis olika ekologi, och några mellanformer har jag aldrig sett.
Om man sen använder sig av varietetsnamn eller olika artnamn är väl en smaksak..
Hej Irene
Det låter spännande och också förvånande för mig. Jag ska också läsa Geml (2008). Hoppas att du har en titt nån gång du har tid i Geml (2006) S. 234. Det skulle interessera mig hur du förstår avsnittet. Där hittade dom 4 distinkta clades, och i alla av dom regalis.
Jag skulle gärna läsa Geml 2006 om jag kunde hitta den. Jag har haft online-länkar till båda, men de fungerar inte längre, och jag har bara kopierat den senare..
Jag kan visa ett fylogram som jag har gjort - har också kopierat in ett par delar av DNA-sekvenserna hos de skandinaviska muscaria resp. regalis som visar sju baspar där de skiljer sig åt, med utbytta nukleotider. Om man fortsätter längs den sekvensen hittar man ytterligare 4 sådana ställen.
För mig är det ett tydligt tecken på att regalis är en egen art.
Amanita muscaria mm
Hmm, försök den här engang http://www.lter.uaf.edu/pdf/1190_Geml_Laursen_2006.pdf
Om den inte fungerar försök länk nr. 27 från den engelska wikipediaartikeln från Amanita muscaria. Här ett kort avsnitt av artikeln:
“Interestingly, all detected phylogenetic species within
A. muscaria share at least two morphological varieties with
other species. Clades I and II both contain at least four (var.
alba, var. formosa, var. regalis, var. muscaria and/or var.
flavivolvata), while at least two (var. regalis, var. muscaria
and/or var. flavivolvata) have been found to date in Clade
III. The most parsimonious explanation for the evolution of
these morphological varieties is the presence of ancestral
polymorphism in pileus and wart colour that pre-dated
the separation of the phylogenetic species. In addition, the
pileus colour may be influenced by unknown biotic or
abiotic environmental factors.”
Hej igen. Jag har gnetat mig igenom Geml 2006. Jag fattar inte mycket av de tekniska beskrivningarna av hur de har konstruerat phylogrammet, eller deras scheman som ser ut som kretskort.. Själv låter jag ett dataprogram sköta den saken.
Men jag har i alla fall hittat den här texten som berör Amanita regalis:
“Although different colour
varieties generally were found in all sampled climatic zones
(temperate, boreal, and arctic-subalpine), eight of the nine
A. muscaria var. regalis specimens were from regions with
cold climate (either boreal, arctic or subalpine).
The only A. muscaria var. regalis found in a more temperate climate
was the one from the rainforests of southeastern Alaska,
only a few miles from the subalpine zone. This finding
confirms its rather limited distribution that is restricted
to coniferous forests, low arctic and subalpine regions of
northern and central Europe, and Alaska (Miller 1982; Jenkins 1986).”
Den här skrivningen tolkar jag som att de ändå betecknar regalis som en god art. De sekvenserade kollekter som råkat ha etiketten regalis och som hamnat någon annanstans än i “Clade III”, hör rimligtvis till andra arter. Dessa har inte heller benämningen regalis i Genbank.
Spännande att du har läst den :-)
Jag tycker dom skriver i passagen bara att A. regalis är knuten till ett kalt klimat och inget mera, men ok :-)
Viktigt tyckte jag också denna passagen innan:
“The most parsimonious explanation for the evolution of
these morphological varieties is the presence of ancestral
polymorphism in pileus and wart colour that pre-dated
the separation of the phylogenetic species. In addition, the
pileus colour may be influenced by unknown biotic or
abiotic environmental factors.”
Om dessa regalis-kollekter som är någon annanstans än i Clade III är en annan art, skulle det kanske betyda att A. regalis också är en kryptisk art?!
Kanske ska jag skriva sen något mer, måste skynda mig nu!
Tack i alla fall för diskussionen, det tycker jag mycket interessant :-)
“Om dessa regalis-kollekter som är någon annanstans än i Clade III är en annan art, skulle det kanske betyda att A. regalis också är en kryptisk art?”
Inte riktigt så. A. muscaria och regalis är ju kända arter. Däremot kanske de övriga sex kladerna är kryptiska arter om de enbart kan skiljas ut med hjälp av DNA, men inte mikro- eller makrokaraktärer.
Det skulle ha varit intressant att veta hur alla kollekterna såg ut..
Läste just Wikipediaartikeln om A. muscaria, där det står:
“The study (Geml, 2006) also looked at four named varieties of this species: var. alba, var. flavivolvata, var. formosa (including var. guessowii), and var. regalis from both areas. All four varieties were found within both the Eurasian and North American clades, evidence that these morphological forms are simply polymorphisms found throughout the species rather than distinct subspecies or varieties.”
Att det inte finns med några bilder är värkligen synd.
Sen finns det några problem med artbegreppet också. En art ska ju innehålla individer som är interfertila, men det där går inte alltid att få korrekta svar på. Det finns t.ex. så kallade ringarter (se http://sv.wikipedia.org/wiki/Ringart ), och liknande fenomen finns också bland svamparna.
Man kan inte heller vara säker på att en avkomma efter två arter eller former som har testats och visat sig kunna hybridisera, verkligen är interfertil med “föräldrarna” - eller fertil överhuvudtaget. Man går ju bara så långt som till att konstatera att mycelen matchar varann, inte till att producera sporbärande fruktkroppar (vad jag vet).
Ja, det finns säkert problem med artbegreppet. Men annars är ju polymorphism också ett ganska vanligt phenomen i naturen. Men självklart skulle jag inte ha skrivit som jag gjorde: “var. regalis är utan taxonomisk betydelse”. Ett liknande exempel son nu med regalis, finns också hos dom allotetraploida arter (lapponica, sphagnicola, traunsteineri…) i orkidésläktet Dactylorhiza. I ett phenogram uppträder en sån allotetraploid art ofta på flera olika ställen. Citat: “Allotetraploid derivatives have arisen repeatedly as a result of hybridization between the two parental groups D. incarnata….and D. maculata…”
Hmm, kanske lite svårt att förklara för mig, därför jag inte har svenska som moderspråk ;-)
Visst förekommer polymorfism även bland svampar, t.ex. papegojvaxskivlingens gula, gröna, röda och t.o.m. blå former, eller olivjordtungans gröna och tegelröda. Den kan också ta sig uttryck i former som inte syns utanpå, t.ex. anpassning till olika miljöer.
Men sådan polyformism påverkar inte den del av DNA som är grundläggande vid fylogenetiska analyser (ITS-regionen).
När det gäller flugsvamparna, kan man ju ana sig till en viss polymorfism hos förfadern till muscaria, regalis och de närbesläktade arterna pantherina och gemmata - olika nyanser av gula, röda och bruna färger.
De allra enklaste fylogenetiska träden brukar vara gjorda med Neighbor joining metoden. Vill man göra lite “bättre” träd så bör man färst bestämma vilken fylogenetisk model som är lämpligt för just det datasettet, sedan bör amn köra t ex Maximum likelihood.
Ett mycket enkelt sätt att köra dessa två tillsammans är att använda PALM:
http://palm.iis.sinica.edu.tw/
http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbour_joining
http://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood
Kurt, du skämtar väl..?
förklaringarna i
http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbour_joining
http://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood
är fullständigt obegripliga för mig :-(
Kan du visa exempel där de skiljer sig åt?
Här har jag iaf ett exempel på ett Amanita muscaria/regalis/pantherina/gemmata-träd enl. Maximum likelihoodmetoden. Ingen större skillnad mot NJ som jag visade tidigare. Ordningen uppifrån och ned mellan linjerna kan jag förstås bestämma själv (genom att spegelvända grenarna vid noderna).
De flesta väljer i dag s.k. Bayesianska fylogenimetoder, men Maximum likelihood är i alla fall mycket bättre än Neighbor joining
http://www.agriculturejournals.cz/publicFiles/00380.pdf
http://faculty.cse.tamu.edu/tlw/LinkedDocuments/bibe03.pdf
http://www.cs.utexas.edu/users/tandy/CSBtutorial.ppt
Svara på inlägget ovan genom att fylla i formuläret nedan
OBS! Formuläret nedan är till för att svara på frågan i tråden ovan. Håll dig till ämnet och den ursprungliga frågan när du skriver ett svar. SKAPA ETT NYTT INLÄGG om du istället vill ställa en ny fråga eller starta diskussion i ett annat ämne. Olämpliga inlägg som inte följer forumreglerna kan komma att raderas.
Ladda hem Svampguiden till din telefon!
